Türk Ortodoks Patrikhanesi, Birinci Dünya Savaşı sırasında Fener Rum Patrikhanesinin yıkıcı faaliyetlerine katılmak istemeyen Ortodoks Hristiyan Türklerin (Karamanlılar) çabaları sonucunda, Büyük Taarruzun hemen ardından kurulan Türk kilisesidir.
Pavlos Karahisaridis ya da sonraki adıyla Zeki Erenerol, Papa Eftim ünvanıyla kilisenin ilk patriği olmuştur.
Kendilerine Karamanlı denilen topluluk, Ortodoks Hıristiyan olmakla birlikte, Türkçe konuşmakta ve Konya, Niğde, Nevşehir, Kayseri ve Ankara civarında yaşamaktaydı.
Karamanlıların kökenleri konusunda iki temel iddia mevcuttur.
Kimi tarihçilere göre, köken itibariyle Yunan olan bu halk, Türklerin Anadolu’ya yerleşmeleri sonucunda dillerini unutup Türkleşmişlerdir.
Başka tarihçiler ise bu topluluğun, Anadolu’ya ilk gelen Türk boylarından olduğunu ve İslam’dan önce Hıristiyanlıkla karşılaştıkları için bu dini kabul ettiklerini belirtir.
Durum her ne olursa olsun Karamanlılar Yunan milliyetçiliğine asla taviz vermemişler ve özellikle Kurtuluş Savaşı sırasında öteki Hristiyan unsurlardan farklı bir tutum takınmışlardır.
Bu dönemde çeşitli gazetelere telgraflar gönderen topluluk, devlet aleyhine çalışan Fener Rum Patrikhanesinden ayrılmak ve bağımsız bir Türk Ortodoks Patrikhanesini kurmak istediklerini belirttiler.
Kendilerinin Türk olduğunu ve bu nedenle tıpkı Bulgarlar gibi bağımsız bir milli kiliseye sahip olmak istediklerini belirten Karamanlılar, valiliklere başvurarak, bu taleplerini resmi yollardan da dile getirdiler.
Karamanlıların bu amaç etrafında örgütlenmesini ise Karahisarlıoğlu ailesinden piskopos vekili Pavlos Karahisaridis üstlendi. Karahisaridis, sonradan Papa Eftim unvanıyla patrik olacak ve ayrıca Zeki Erenerol adını alacaktır.
Milli Mücadele döneminde Mustafa Kemal’le sürekli irtibat halinde olan Papa Eftim, Milli Mücadelenin başarıya ulaşması için aktif olarak çalışmış; özellikle Fener Rum Patrikhanesine bağlı kilise görevlilerinin kışkırtıcı faaliyetlerini engelleme noktasında önemli işler yapmıştır.
Nihayetin Türk Ortodoks Patrikhanesinin Büyük Taarruzdan hemen sonra, 21 Eylül 1922’de düzenlenen kongrede kurulması kararlaştırılmış ve bu karara ilişkin tutanak TBMM’ye gönderilmiştir.
Türk Ortodoks Kilisesi hiçbir zaman Fener Patrikhanesi tarafından tanınmadı.
Papa Eftim’den “Türk dostu değil, Türk oğlu Türk” olarak bahseden Mustafa Kemal’e göre Papa Eftim, “Milli Mücadelede, bize, tek başına bir ordu kadar hizmet etmiştir.”
Papa Eftim, aynı zamanda İstiklal Madalyası sahibidir.
Kurtuluş Savaşı sırasında büyük bir “milli bilinç” gösteren Karamanlı Ortodoks halkı, ne yazık ki dönemin koşulları gereği, mübadele uygulamasında dilden ziyade din kıstas alındığından, Yunanistan’a göç etmek zorunda kalmıştır.
Papa Eftim ise, mübadele nedeniyle cemaati oldukça azalmış olmasına rağmen, İstanbul’a geçerek kiliseyi devam ettirmiş ve Fener Rum Ortodoks Patrikhanesiyle mücadelesini sürdürmüştür.
Papa Eftim, 14 Mart 1968‘de ölmüş, bu tarihten sonra Türk Ortodoks Kilisesinin başına oğlu Turgut Erenerol geçmiştir.