Kardak Kayalıkları, ilk kez 20 Ocak 1996’da Yunanistan resmi makamlarına yakınlığıyla tanınan Gramma gazetesinde yayımlanan “Türkiye’den Aşırı Tahrik” başlıklı haberle kamuoyunun gündemine geldi. Bu tarihten sonra Kardak Kayalıkları üzerindeki egemenlik iddiaları giderek Türkiye ile Yunanistan arasında bir kriz haline geldi ve “Kardak Krizi” olarak adlandırılan sorun ortaya çıktı.
“Figen Akat” adlı bir Türk teknesinin 27 Aralık 1995’te Bodrum’un Turgutreis beldesine 3,8 mil uzaklıktaki Kardak kayalıklarına oturması sonucunda, teknenin Türk ekiplerince mi yoksa Yunan ekiplerince mi kurtarılacağı sorusu gündeme geldi. Bu soru akabinde kayalıkların hangi ülkeye ait olduğu tartışılmaya başlandı.
Türkiye, 29 Aralık’ta Yunanistan’a bir nota vererek kayalıkların Türkiye’ye ait olduğunu bildirdi. Yunanistan ise bu notaya 10 Ocak 1996’da verdiği yanıtta, kayalıkların İtalya’dan devralınan adalara bağlı olduğunu ve dolayısıyla mülkiyetinin Yunanistan’a ait olduğunu öne sürdü.
Krizin ilk aşamasında bir grup Yunanlı genç, kayalıklara Yunan bayrağı dikmiş ancak bu bayrak kısa bir süre içerisinde Hürriyet gazetesi muhabirince indirilerek yerine Türk bayrağı çekilmiştir. Hemen ardından ise bu sefer üç Yunan sahil güvenlik botu adadaki Türk bayrağını indirerek yerine Yunan bayrağı çekmiştir.
Bu gelişme üzerine Türkiye, Yunanistan’ı Türk karasularından askerlerini ve gemilerini en kısa sürede çekmesi konusunda birçok kez uyarmış ancak bir sonuç alamamıştır. Nihayet, 31 Ocak 1996 gece yarısında Türk savaş gemilerinin koruması altındaki Sualtı Taarruz Timleri (SAT) Kardak’a bitişik bir kayalığa çıkarma yapmıştır. İki ülkeyi savaşın eşiğine getiren bu sürtüşme, ABD’nin araya girmesi ve Yunanistan’ın bayrağı indirmeyi kabul etmesiyle geçici bir çözüme kavuşmuş ve komandolar ile kayalık etrafındaki gemiler geri çekilmiştir.